La Bolivia è dominata dalla presenza di due imponenti catene montuose: la Cordillera Occidental, in prossimità della costa del Pacifico e la Cordillera Oriental, che comprende la bellissima Cordillera Real. Entrambe ospitano cime di più di 6000 metri. In mezzo si trova l’Altiplano, a una altezza tra i 3500 e i 4000 metri, di aspetto lunare, ricco a sud di laghi salati, tra cui il celebre Salar de Uyuni e il meno noto Salar de Coipasa e che ospita, nella sua parte settentrionale, il bacino del lago Titicaca. A nord della Cordillera Central si trova la piovosa Los Yungas, un’area di transizione tra gli altopiani e i bassopiani.
Metà della Bolivia è occupata dal bacino amazzonico: a ovest si trova la foresta tropicale, mentre a est il cerrados, un ambiente simile alla savana e le paludi del Pantanal. Il Gran Chaco rappresenta a sud ovest una pianura caratterizzata da una vegetazione impenetrabile.
Il sistema di aree protette della Bolivia copre attualmente circa il quindici per cento del paese. Questi parchi nazionali (parques nacionales), riserve nazionali (reservas nacionales) e "aree naturali" (areas naturales de manejo integrado) comprendono l'intera gamma di diversi terreni ed ecosistemi in Bolivia, dalle foreste tropicali delle pianure amazzoniche alle cime ghiacciate e deserti andini d'alta quota.
Nonostante questo sistema, molti parchi nazionali e altre aree protette sono sottoposti a forti pressioni da parte dei contadini senza terra, per lo più migranti provenienti dagli altipiani che cercano nuove aree di foresta da pulire e coltivare. Piccole squadre di guardie del parco, quasi senza risorse, lottano per proteggere migliaia di chilometri quadratidi natura selvaggia dalle incursioni di cacciatori, aziende forestali e minerarie, allevatori di bestiame e colonizzatori contadini, che sono spesso meglio organizzati, finanziati e attrezzati. Inoltre, sebbene molti boliviani siano consapevoli dell'enorme valore delle loro restanti aree selvagge e sostengano le misure di conservazione, vi è anche una diffusa opposizione al sistema dei parchi nazionali.
Dal punto di vista naturalistico, la Bolivia è uno dei paesi a più elevata biodiversità del continente americano. Ospita 5000 specie di piante e più di 1400 specie di uccelli. Il Parco nazionale Madidi tutela una straordinaria varietà di specie amazzoniche: il 44% delle specie di mammiferi di Nord e Sud America, il 38% delle specie di anfibi, tropicali, quasi 1000 specie di uccelli e più specie protette di qualsiasi altro parco al mondo.